Ve školním roce 2020/21 odstartoval v Bratrské škole II. stupeň. Každý rok nyní přibývá další třída, v příštím školním roce budou tedy ve škole třídy do 8. ročníku. Pro umístění tříd do doby dokončení stavby nové budovy se hledá řešení.
Rozhodnutím synodu v květnu 2021 bude v nové budově umístěna také střední škola Evangelické akademie, která nyní sídlí na Praze 4.